Sau cái chết bất ngờ của Thiên hoàng Shijō, hoàng tộc và Mạc phủ bắt đầu mâu thuẫn về vấn đề kế vị: Thái hậu Kujo Michiie và giới quý tộc triều đình ủng hộ Hoàng tử Tadanari (忠成王), con trai của Thiên hoàng Juntoku; nhưng shikken Hōjō Yasutoki đã phản đối việc kế vị của các con trai của Juntoku với lý do họ đã chống lại Mạc phủ trong cuộc loạn Jōkyū (1221). Nhưng Kujo Michiie đã kịp thuyết phục được shikken, buộc ông ta phải theo ý kiến của mình bằng cách đưa hoàng tử Kunihito mới 22 tuổi, con trai của cố Thiên hoàng bị lưu đày là Tsuchimikado lên ngôi. Cuộc thương lượng giữa hoàng tộc và Mạc phủ kéo dài 11 ngày liền.

Do kết quả của cuộc thương lượng, tháng 1/1242 hoàng tử Kunihito mới 22 tuổi, con trai của cố Thiên hoàng bị lưu đày là Tsuchimikado lãnh chiếu kế vị[3].

Tháng 6/1242, hoàng tử Kunihito chính thức lên ngôi[4] và lấy hiệu là Thiên hoàng Go-Saga.

Tài liệu không ghi chép gì về những hoạt động thời Go-Saga trị vì. Ông không có thực quyền, mọi quyền lực rơi vào tay của Mạc phủ.

Tháng 12/1246, Thiên hoàng Go-Saga bất ngờ thoái vị nhường ngôi cho cho con cả của ông là Hisahito, hiệu là Thiên hoàng Go-Fukakusa.